胡愛雲於2003年6月20日10點多在哈爾濱市南崗區教化廣場附近，與三個同修在一起被哈市公安局刑偵一處非法抓捕，當時她們四人被戴上黑頭套，被帶到道裡區一個不知名的小二樓用刑。哈市國保科趙光等人先是強制她坐鐵椅子，然後吊起來打，灌辣椒水，用電極接在兩腳的腳趾上，用電棍電，從下午兩三點一直折磨到半夜兩三點，慘叫聲別的屋都能聽見。
胡愛雲被劫持到公安局七處非法關押。9月21日，胡愛雲在七處喊「法輪大法好」，被警察趙風霞、管教盛某毒打，一個多月後還能看到身上被打的印痕。
2004年4月12日，胡愛雲被關到黑龍江女子監獄。5月12日因不穿囚服被關在小號，小號裡陰冷潮溼，沒有被褥，只能手銬在「地環」上坐著，不能躺，還經常被刑事犯人毒打，10月10日從小號放出來。
2005年1月13日胡愛雲再次被關小號，她絕食抗議一個多月，於7月10日從小號放出進集訓隊。2006年2月17日因煉功又被關小號，絕食兩個多月於7月12日被放出。
同年9月27日，胡愛雲被關進女監十一監區。十一監區是專門迫害、轉化法輪功學員的監區，九個犯人「包夾」一個法輪功學員，在一間門窗都用報紙糊上的房間裡，九個犯人把法輪功學員圍在中間，進行所謂的隔離，不讓法輪功學員之間互相見面、說話。強迫法輪功學員坐在屋中間的小板凳上看造謠誣陷法輪功的錄像光盤，直到後半夜兩點，犯人輪流看著不讓法輪功學員睡覺，被犯人打罵也是家常便飯。
2006年12月27日，胡愛雲被轉至一監區迫害，被用「束縛帶」捆了3天，好幾個犯人「包夾」，走一步犯人跟一步，嚴密監視、限制自由。
胡愛雲在女監反迫害，入監二年多，一年多被惡警關押在禁閉室，再就是被隔離迫害。2007年7月6日，胡愛雲開始絕食反迫害，已經幾十天，每天被灌食兩次，十分痛苦。