中共在教科書對皖南事變的說法，一直都是高調宣傳蔣介石和國民黨軍隊的罪惡陰謀，很多人也都信以為真，因為畢竟是共產黨的新四軍在軍事上吃了大虧，是「受害者」的形象。其實，有關皖南事變的歷史真相被中共刻意隱瞞了。最基本的問題就是，蔣介石為什麼要襲擊新四軍。中共的標準答案是「蔣日勾結，蓄謀滅共」（新華社語），這顯然是牽強附會。
其實，中共消極對待抗日，積極打擊友軍（國民黨部隊），搶佔地盤，擴大勢力，才是導致皖南事變的真正原因。
一九三七年八月一日，即盧溝橋事變後不久，中共中央發出了「關於對南方各游擊區的指示」。該指示明確指出，「紅軍游擊隊在保存和改編革命武裝以及保證黨的絕對領導的原則下，可以與當地國民黨進行談判，改變番號，以取得合法地位」。中共南方各地武裝和零散武裝人員，正是在中共中央這一指示下，開始接受國民政府改編而集結成為新四軍，並「接受最高軍事委員會統一指揮。」
中共中央在它的八一指示和其它指示中，指示要保證中共中央對新四軍的絕對領導；新四軍主要圖擴張和發展。指示新四軍只准相機襲擊偽軍和只在需要時才允許迎擊小股日軍──新四軍自成立以來，打了韋崗戰役、黃橋戰役，即七戰七捷，以及西路戰役等，可是這些戰役打的都是國軍，打的是國民黨的「頑固派」，特別是曾血戰台兒莊的韓德勤等部。（詳見中國大陸有關研究新四軍軍史的著作）。在中共有關新四軍的宣傳中，人們熟悉的有電影《東進序曲》，還有曾進入大陸課文的《黃橋戰役》，特別是渲染陳毅在黃橋戰役的間隙還從容弈棋的故事，學生們更是印象深刻。其實這些戰役，打的都是國民政府的軍隊，而不是日軍。有學者認為，中共大捷的黃橋戰役也為後來的皖南事變埋下了伏筆。
根據國共建立抗日統一戰線的協定，新四軍在編制上屬於戰區司令長官顧祝同領導。但是新四軍事實上聽命於延安的共產黨。1940年5月4日，毛澤東為中共中央起草的給中共中央東南局的指示中說，「所謂發展，就是不受國民黨的限制，超越國民黨所能允許的範圍，不要別人委任，不靠上級發饷，獨立自主地放手地擴大軍隊，堅決地建立根據地」「獨立自主地擴大軍隊，建立政權，設立財政機關，徵收抗日捐稅，設立經濟機關，發展農工商業，開辦各種學校，大批培養幹部。中央前要你們在今年一年內，在江浙兩省敵後地區擴大抗日武裝至十萬人槍和迅速建立政權等項，不知你們具體佈置如何？過去已經失去了時機，若再失去今年的時機，將來就會更困難了。」
據歷史學家辛灏年先生在《誰是新中國》援引的史料稱，曾有一定親共傾向並有相當影響的民營報紙《大公報》，曾對皖南事變的真相及其來龍去脈，經過與結果，有過較為公正、平實的報導。報導在歷數了新四軍在當地的所做所為後，認為「這種自亂陣線襲擊友軍的行動，依軍紀，本應予以制裁」「就軍紀軍令以言，（國民黨）統帥部的處置是無可置議的。」
現在中共自己的黨史專家也在質疑許多問題。新華社在「皖南事變的六個歷史謎團」中提到，在新四軍北移的問題上，新四軍不按照蔣介石指定的路線渡江（指示沿途國民黨部隊放行），而是自己選擇先南下再北上的一條絕路，不理解為什麼如此。還提到，作為副軍長的項英為何一再推遲皖南新四軍部隊北上日期，甚至提到項英是不是有建立「第二延安」的想法等等問題。
「皖南事變」的更多真相還有發掘，不過，可以肯定的是，中共在「皖南事變」的宣傳上掩蓋了歪曲了太多的事實。