2005 年9月12日，在廣州市越秀區610的策劃下，魏應新被綁架，之後在當地看守所關押11個月，其間受盡折磨。魏應新被迫害的經常發高燒、滿口吐血、痙攣、頭髮全白。有一次他因拒簽一份非法的文件，被法警猛力推至牆角，即刻昏死、腰受重創，臥床十餘天。
2006年1月25日，廣州市越秀區法院非法開庭審判魏應新。2006年5月25日，廣州市越秀區法院非法判處魏應新四年有期徒刑，並於同年8月16日由廣東省陽江監獄非法監禁至今。
近一年以來，陽江監獄為了強制「轉化」魏應新，經常以「噴氣式飛機」體罰（每次兩小時），並每天腳戴50斤重鐐。他妻子為此抗議，遭到威脅、監控，並被長達七個月禁止「探監」。