自從1999年中共迫害法輪功後，王密多次被劫持迫害。2002年初，王密被雞西市雞冠區法院非法判刑10年，開庭時惡人不許家人旁聽。2002年3月他被送到哈爾濱監獄，非人的待遇使他身體受到很大的傷害，原來身高1.82米、體重 140多斤的體育健將，被迫害成皮包骨，又被送到哈爾濱監獄醫院，診斷為肺結核，身體處於高燒狀態、血色素低。家人提出辦保外就醫，獄方推托說：「人剛判，時間短，不予辦理保外就醫。」醫院只是不斷的讓家人拿錢。
在哈爾濱監獄關押期間，中共警察為強迫法輪功學員寫所謂的「四書」，對法輪功學員打罵、不許睡覺、酷刑折磨，導致兩名法輪功學員死亡，上百名法輪功學員身心受到很大摧殘。王密於2003年4月間，因堅持修煉，被一名刑事犯人用鐵枴杖猛擊頭部，致使他昏迷3天3夜，被哈爾濱監獄醫院診斷為嚴重腦震盪。經院長劉朋德、主管大隊長金恆權商議，決定留醫院觀察治療，診斷存檔。而打傷王密的刑事犯人被主管幹部王春發詢問後，此事不了了之。2004年6月家人去探視王密，獄方拒絕接見，家人電話詢問，獄方就說：「挺好。」
黑龍江省監獄管理局為逃避國際人權組織對哈爾濱監獄殘酷迫害法輪功學員的調查，於2004年7月1日將哈爾濱監獄100多名法輪功學員分別轉入牡丹江、泰來及大慶監獄關押。
王密被轉入大慶監獄後，出現精神分裂，行動異常，記憶失常。7月份王密在大慶監獄病情發作時，不知穿衣服，每天幾個人看護。家人提出保外就醫，獄方仍敷衍、推托。家人提出做法律鑑定，獄方（出入監隊長）仍是敷衍。而且在2004年9月末至10月初這段時間惡警把他關到小號加重迫害。