2002年7月1日，呂仁清在撫順市講真相時，又被撫順市公安一處的惡警綁架。當時幾個惡警將其毒打、酷刑折磨，後送到撫順市第二看守所，呂仁清在那被迫害四個月，渾身長滿疥瘡，奇癢難忍。呂仁清被非法判刑後，送到瀋陽大北監獄迫害。同年12月份，又被轉押到遼陽铧子監獄。
在铧子監獄的幾年中，因他不放棄對「真、善、忍」的信仰，監獄惡警用盡酷刑，長期對呂仁清進行慘無人道的折磨，多次毒打，蹲小號，暴力灌食……
大約是2004年9月27日的早晨，在惡警的唆使下，三個監控法輪功學員的惡徒（犯人），將呂仁清騙至一個無人的監室，用麻布將他的嘴堵住；然後，三個惡徒同時施暴，邊打邊邪惡的說：「你願意上哪告，你就上哪告，我們不怕……」也不知道他們打了多長時間，直到三個人都打累了才放手。呂仁清被打的遍體鱗傷，而且兩根肋骨被打折了，三個惡徒將他抬回監室。過了一會，專門迫害法輪功的惡警王建軍、許長海，叫呂仁清到辦公室，此時呂仁清已無法走路，每動一下渾身疼痛難忍。惡警就叫三個惡徒將呂仁清抬到辦公室，呂仁清說：「共產黨又用黑社會的手段迫害我……」許長海說：「誰迫害你了？」後來惡警怕別人看到呂仁清被打的慘狀，又將呂仁清抬到窗戶根底下很隱蔽的床上了。
這次迫害造成呂仁清一個多月不能生活自理，在這種情況下邪惡之徒沒有停止對他的折磨，惡警逼他每天坐小塑料凳（一種體罰）。呂仁清因被打，曾多次提出去醫院檢查，監獄一拖再拖，從不管法輪功學員的死活。待呂仁清身體微有好轉，再提出被打時，惡警流氓似的抵賴說：「誰打你了，誰迫害你了？」
由於酷刑的折磨，呂仁清原本非常健康的身體出現異常現象。從2005年9月份開始吐血，呼吸困難，監獄從來沒有給檢查治療……2007年12月份，他的病情加重，又開始吐血，但監獄未給予治療，致使呂仁清的身體越來越虛弱。
2007 年12月9日，中共人員又將呂仁清轉移到大連市甘井子監獄繼續關押，在呂仁清病情非常嚴重的情況下，仍然逼迫他下車間幹活。因他不能走路，惡警就叫兩個犯人將他抬到幹活的現場，為此他絕食8日，抗議奴役迫害。當時他身體非常的虛弱，仍在吐血，後經醫院檢查、拍片發現呂仁清有惡性的肺結核病。2007年12 月末，又將其轉押到遼寧省鐵嶺監獄。後經醫生檢查，發現呂仁清的肺部有一個很大的洞，隨時有生命危險，隨後下了兩次「病危通知書」，但監獄拒不放人。
直到2008年3月10日，在家屬的強烈要求下，才將呂仁清從鐵嶺監獄直接送到鐵嶺市結核病醫院搶救，因胸部積水太多，整個心臟被擠偏移，醫生再次下了「病危通知書」並做了手術。呂仁清於2008年4月19日含冤離開人世。