修煉法輪功已五年的洪騰祥校長表示，他特地藉著這次總統接見的機會，送大紀元時報社論《九評共產黨》一書給馬總統。馬總統親自收下並說，他也有《九評共產黨》這本書，在擔任台北市長期間曾經參加法輪功團體舉辦的活動，對法輪功學員遭受（中共）迫害這件事很瞭解。
洪騰祥並向馬總統表示，中共的人權記錄很差，從SARS（非典）、黑心食品等造成全球的負面影響可見一斑。馬總統回應說，這些事情中共連道歉都沒有。
二零零二年十二月二十九日，當時擔任台北市長的馬英九出席了台灣法輪大法修煉心得交流會，公開批評中共鎮壓法輪功運動。馬英九表示，宗教自由、信仰自由是自由社會的普世價值，也是基本自由和人權，他看到法輪功學員在大陸被迫害、被殺害，心中非常不忍。他說他「不擔心會得罪哪一個政府、哪一個政權」。