有關孫思邈先生的傳奇故事很多，他除了是一位醫藥學家外也是一名修道高人，後周宣帝的時候，孫思邈以王室多變故的原因，隱居到太白山裡去了。五十年後，唐太宗即位，曾召見他，感歎於孫思邈容貌的年輕說：「看見你，我因此懂得有道的人實在應當受到尊重，羨門、廣成等神仙確實不是虛傳。」
孫思邈先生小時候即天資過人，有「聖童」的美譽，每天能誦讀一千多字，加上他讀書又用功，於二十歲左右已博覽群書，通曉諸子百家，也喜歡讀佛經。不過因為他幼年體弱多病，又見村人因病受苦，耗盡家財，感觸很深，決定學醫。在青年時代便以文才出眾，救死扶傷，醫術高明，名氣遠揚。但他一生淡泊名利，隋唐兩朝三度授官，都被他拒絕，大部份時間住在山中，採藥治病，致力於醫學研究。
孫思邈先生認為「人命至重，有貴千金」，反對醫生利用治病的方式謀取私利。他為了協助廣大的群眾，普及醫學知識，於是他四處行醫，為百姓醫治病痛，同時遍查歷代醫學典籍，結合自己臨床經驗，參照民間配方，於公元625年寫成了他的第一部醫學巨著《備急千金要方》三十卷。到了西元681年，孫思邈先生以百歲高齡，又完成了第二部醫藥學巨著－－千金翼方三十卷。《千金要方》和《千金翼方》比翼齊飛，成為中醫學史上極有實用價值的醫學手冊。在他的醫學著作中，特別強調卓越的醫術，和崇高的醫德。
在孫思邈先生偉大的醫學成就背後，也發生了許多奇異的事情在民間流傳著，在此節錄一則以饗讀者：
話說有一天，孫思邈診病回家途中，一條老蒼龍患了嚴重的眼疾，十分痛苦，因此幻化成一位秀才求孫思邈幫他醫治，孫思邈慧眼識出他不是人，要他變回原形才肯替他治療，蒼龍答應於當晚變回原形。
這時孫思邈的徒弟陳清偷聽到了，陳清原來就會繪畫，當天深夜便躲在孫思邈家的後院偷窺，準備將這條神龍的形狀偷偷畫下；蒼龍依約投入水井變回原貌，騰空而出，相當炫麗壯觀，孫思邈便用手裡「銀硃筆」立即為他治療眼疾，神醫筆下療效立見，蒼龍雙眼重現光明，同時發現井旁有人窺視，極為震怒，吐出一把「龍頭劍」刺中陳清後飛天而去，陳清當場死亡，留下一張未繪製完成的龍圖像，只見龍首不見龍尾，後人只得憑想像將龍的圖像連接起來，也就是現今所見的『龍 』，今人所謂的「神龍見首不見尾」即出於此典故。
孫思邈先生把許多治病的妙方傳給世人，永淳元年，孫思邈先生逝去，死前留話要薄葬，不准在墓中放任何殉葬品，不准用活著的牛羊祭奠。逝世一個多月後，他的顏貌不改。舉起他的屍體往棺材裡裝的時候，只剩下空空的衣服而已，原來他已屍解而去，當時的人都驚嘆不已。他家鄉的人民給他蓋廟立碑，把他隱居過的「五台山」改名為「藥王山」。山上至今仍保留有許多有關孫思邈的古蹟，如「藥王廟」、「拜真台」、「太玄洞」、「千金寶要碑」、「洗藥池」等，這也說明人們對他深厚的感情。