他獲得物理碩士學位後，轉進電機系研究所醫工組攻讀博士學位。但是對於人生何為，以及人世間存在的所有疑惑依然如故。黃啟裕轉而探索宗教世界意圖解開迷團，他說：「我看佛經和其它宗教的書，路遇傳教士也會停下腳步與他們談一談，但無論是課業上的現代科學或者是形而上的宗教哲學，都讓我越發糊塗，人為什麼活在世上的困惑越結越深。」
大學二年級，黃啟裕在踢足球運動中右腳撞傷，送醫途中又發生小車禍，使的右腿傷勢更加嚴重，經過醫療診治的腳外傷似乎痊癒了，可卻留下越來酸痛越嚴重的後遺症，非但如此，腰部酸疼的幾乎沒法坐著。著急的母親到處尋求良方，並且帶他看遍全台名醫但未見效。後來聽從鄰居建議學練氣功，身體感覺好像有點舒緩，思想上越引發更多的疑點：「這是現代科學所沒有的，那麼到底氣功是什麼東西？」於是，舉凡民間流傳的佛、道和各種偏門小術等氣功，都是他好奇探索的對象。
一九九九年四•二五後某天，學妹問他「有沒有聽說過法輪功？」啟裕回答沒有，這位學妹說：「學長，那個新聞講那麼大，你都不知道呀，全世界現在有一億人在學法輪功。」啟裕自此對法輪功有了初步印象，同時也想：「全世界有一億人在學，那一定是個很簡單易學的功法，有機會應該可以去學。」
二零零零年初寒假期間，黃啟裕和朋友結伴到美國舊金山伯克利遊學，在一家中餐館用餐時，遠從中國大陸來美定居的老闆自我介紹說他是法輪功學員，因為看了《明慧網》而得法，臨別之際遞給啟裕一張帶有明慧網址的名片。
返回台灣一段時間後，女友靜婵在台灣大學對面的書店看到法輪功並帶回簡介資料，倆人決心修煉大法。黃啟裕說：「回家打開《轉法輪》第一頁，才讀幾行，我整個人就被震撼住了。」
黃啟裕說：「九天班聽師父錄像講法，我全神貫注，十分認真的在聽，生怕漏掉一個字沒聽到，越聽觸動越深，震撼越大，心中不禁自怨：這個世界已經發生了這麼大的事情了，我怎麼不知道，我怎麼遲延到現在才得法啊。終究發現了宇宙的真理了。」
隨後的時光就在學法煉功中度過，整個人生也跟著起了極大變化。折磨他坐立難安的酸疼痛楚不知不覺被忽略了，生活起居正常了；騎摩托車喜歡爭先搶道的壞習慣不見了，爭鬥心逐漸淡化，被汽車司機按喇叭催促也不感到刺耳和生氣了；以往精神萎靡，黯沉的臉色有了光彩，親友鄰居都驚奇的稱道他變的容光煥發，神清氣爽。黃啟裕身心舒暢，感到前所未有的祥和與平靜。