一九九七年修炼法轮功后，李银菊身体很快康复。她努力按“真善忍”要求自己，善心对待别人，曾把自己的上万元积蓄拿出来帮助遇到生活困难的老乡，老乡来还钱时，不断感叹修“真善忍”的人心肠好。看到李银菊的身心变化，亲朋好友赞叹“法轮功太神奇了”，周围很多人也开始学炼法轮功。
一九九九年七月中共迫害法轮功后，李银菊想到北京自己的亲身经历，在沈阳火车站被警察抓回；还曾因到辽宁省委反映法轮功真相，被警察用客车拉到沈阳苏家屯郊区，被迫自己走回家。
二零零六年七月初，李银菊回河南老家探亲，七月三十日在街上和四个小学生讲法轮功真相，被其中两个不明真相的学生告发遭到当地派出所绑架，后被非法劳教一年。在河南省十八里河女子劳教所，警察逼迫李银菊放弃信仰，对她长时间洗脑、不许睡觉并殴打她，后来又把她关入“小号”折磨，强迫她睡在“小号”的地上。劳教所大队长贾美丽等恶警参与了对李银菊的迫害。
李银菊被迫害的头发脱落、并被检查出患了乳腺癌，十八里河劳教所为推卸责任，于二零零七年一月左右通知家人将李银菊接回。劳教所不断骚扰李银菊和她在河南的亲属，强迫家人汇报李银菊的情况，并威胁要再次把她抓回。
李银菊的身体情况恶化，经医院检查已无法医治，于二零零八年十二月十八日含冤离世。她原本美满的三口之家，笼罩在悲凄中。熟悉她的人都为她的遭遇痛惜。