2000年2月份去北京上访被抓后，回到学校不让她给学生上课，安排她给住校生做饭，工资每月只给200元。校领导逼侯有芳交出6000元钱作为去北京劫持她的人的路途费用，还要让她支付替她上课老师的工资，共计拿出16000元钱。同时威胁诱骗她：要不写保证就不给房住，只要说“不炼法轮功”，所有的工资给补齐，给一套楼房，也让她给学生上课。
2001年6月份，侯有芳被绑架到当地看守所，所长胡登平对她强行灌食，拳打脚踢，用理发的推子强行把嘴撬开，脸部也被打肿，身上被打的一块一块的黑紫色。参与迫害的人群中有一个曾经是她的学生，这个学生灌食时不敢面对老师，只好躲在门后。
2001年8月，侯有芳散发法轮功真相资料，被绑架在金川区公安局遭“老虎凳”等酷刑折磨，后被非法劳教两年，在甘肃省第一劳教所被毒打、吊背铐，在外面罚站1个月不让进屋睡觉，逼她写“悔过书”，而她坚决不写。所谓的“警察”就进行毒打折磨，把她的胳膊、腿打断，于2002年11月29日终被折磨死。据说死时体内大量出血，包括肋骨、盆腔都被打骨折。
侯有芳的母亲怎么也想不到，她最孝顺的女儿已经被迫害死了，亲人们不忍心将这个噩耗告诉老人，一直瞒了两年。2004年的一天，老人无意中从别人口中得知女儿已经被害，几乎晕死过去，天天躺在床上，撕心裂肺，绝望的哭喊。
