叶小文抵达台湾时，在场有媒体问：“为什么无神论的共产党员要参与祈福法会？”“为什么台湾公民邵玉华因修炼法轮功，回到中国时受到绑架？”
叶小文有些恼羞成怒地准备离去，法轮功学员当场前去递送一份“关于国家宗教事务局局长叶小文迫害法轮功的调查报告”，叶小文吓得不敢接，甩下媒体，仓皇离去。
叶小文从一九九五年担任国家宗教事务局长至今，该单位长期从事统战、渗透、打击信仰团体的工作。一九九九年七月廿日江泽民发动迫害法轮功时，叶小文率先在中央机关发表长达四小时的批判报告，日后成为北京机关的学习材料，成为煽动仇恨的帮凶。同年八月及十一月，叶小文又在中央电视台及中国国务院中外记者会上，以造谣侮蔑的方式，妖魔化法轮功，继续煽动仇恨。二零零零年开始，叶小文以国家宗教事务局局长的身份，率国内宗教领袖赴美国及其它国际社会，散布对法轮功的造谣攻击。
据明慧网统计，在中共江泽民集团的群体灭绝政策下，至今被迫害致死的法轮功学员至少已达三千二百九十六人，数以百万计的法轮功修炼者被关押至监狱、劳教所、洗脑班，或被迫害致流离失所等。成为全球关注的人权迫害事件。
叶小文目前是全球法轮功人权律师团追诉的中共官员之一，叶本人所到之处受到法轮功学员的追诉和抗议。