董志昆于二零零九年二月二十八日中午在昆明市双龙乡向有缘人赠送神韵光碟被双龙派出所非法抓捕，三月一日凌晨一点钟被昆明市公安局盘龙分局、盘龙国保大队非法抄家。董志昆被非法关押在昆明市盘龙区第一看守所二百五十一天。二零零九年三月二十七日昆明盘龙公安分局非法对董志昆宣布逮捕，家属于当日收到逮捕证。
二零零九年十一月二十五日董志昆家属前往昆明市中级法院询问情况，法院人员告知，董志昆已被秘密开庭，董志昆被非法判刑三年，已送往云南省第一监狱。家属一直没有拿到判决书，只拿到一个通知家属的判决执行单。
家属的正常探视权也被非法剥夺，为此，董志昆的妻子孙永红写信给云南省监狱局和云南省第一监狱，要求探视董志昆。