王三运四月二十五日离台，在机场，法轮功学员向他喊话：“王三运，你被告上法庭了。停止迫害法轮功，善恶有报。法轮大法好，真善忍好。”王三运不敢回应“被告”问题，匆忙走入海关，历时不到三分钟。四月十八日王三运抵台前，台湾法轮大法学会至高检署提出刑事告诉，控告他违犯“残害人群罪”，要求高检署在王来台期间紧急侦办、拘提。
王三运主导及直接参与迫害法轮功，横跨福建、四川、安徽三省，二零零七年十二月后任安徽省副省长，省长，严密部署对法轮功学员的精神洗脑和迫害，并发动镇压指令，抓捕大批学员，造成多人被迫害致死。
四月二十二日，台南市议员曾秀娟（右）当众厉声表达诉求，要求王三运释放被其关押的法轮功学员江峰。王三运当天下午不敢依行程到高雄进行签约仪式。久等见不到王三运的曾秀娟，挺着身孕，在会场前厅激昂抗议四分钟。“只要见面三十秒钟，请问安徽省长王三运有这么困难吗！”
曾秀娟认为事关人命的人权议题非常重要。她说：“我的诉求只是向王三运当面递陈情书，并诉求请他重视人权，要求他释放被关押在安徽省宣城宝丰劳教所东风一大队的江峰。”
关心中国人权的立委田秋堇表示，王三运被告对中共官员来说是警示、启发和教育。她强调，政府应让人民有免于恐惧的自由，如果国家和政府成为加害者，使人民的身家性命随时都有危险，人民的自由随时都可以被剥夺，这样的国家对人民有什么意义？它再强大也只是加害人民的力量而已，希望中共官员要深切了解这一点。
王三运是继广东省长黄华华、陕西省长赵正永、辽宁省长陈政高之后，第四个来台受到刑事控告的中国省长级官员，也是台湾法轮功团体在台提出刑事告诉的第八名中共高官（其余七名为前河南省委书记徐光春、广东省长黄华华、陕西代理省长赵永正、中国国家宗教局长王作安、湖北省六一零办公室组长杨松、北京副市长吉林、辽宁省长陈政高）。