二零零六年八月末，于宗海在监狱受超强奴役劳动，左眼受创，泪腺断裂。监狱医院无法医治，让他去外面医院治疗。可是，六监区狱警向家属要钱，否则就不带出监狱治疗。于宗海的妻子和妹妹因修炼法轮功，被非法关押在哈尔滨女子监狱（于宗海的妻子王楣泓被非法判刑十一年），家中已无人无钱。狱警称：如果他家不给钱，他眼睛瞎了也不管。于宗海弟弟凑了一些钱，狱警只是让于宗海在牡丹江红旗医院眼科做了检查，可是错过了手术治疗的最佳时间。
二零零八年奥运会前，牡丹江监狱六监区多次对被关押法轮功学员搜身和对物品进行搜查，于宗海遭到恶警葛华、王辉以及恶警指使的犯人谢士德等人殴打。二零一零年年底，于宗海被暴力殴打，腿骨被打断、胸骨突出，现在还一直头晕，眼睛也看不清，走路很困难。在这种情况下警察还逼迫去劳动，不干就遭殴打。
于宗海在修炼法轮功之前因工作繁重，劳累成疾，得了股骨头坏死病，身体弱到连一小脸盆煤都端不动。到各大医院检查医治没有效果，医生建议只能截肢。于宗海有幸接触法轮功，一九九四年参加了李洪志先生在大连讲法教功的学习班，参加完刚回来，自己就能把二百斤大米一口气从一楼扛到五楼。在他身上发生了的奇迹令很多人震惊，他工作所在图书馆的同事、还有主要领导纷纷加入法轮功修炼，于宗海的家人目睹了法轮功的神奇，也相继走入大法修炼中来。
修炼法轮功后，于宗海不但身体康复了，精神面貌也有极大的改观，所有的同事没有一个不说他好的。于宗海在监狱遭到这样严重的迫害，依然坚守信仰。
牡丹江监狱长期不让探视，家属一直都不清楚于宗海的情况，近期才得知他在监狱遭到严重迫害的消息。