在長達九年的迫害期間,中共邪黨所謂的政府工作人員連續不斷的騷擾、恐嚇,綁架勒索巨款贖人,使李玉昆及其家人承受了難以想像的痛苦;多次非法抄家、土匪般的搶劫使得這個家庭貧困交加。邪黨人員經常黑夜去騷擾或是綁架,嚇的李玉昆的妻子無法安寧,李玉昆80多歲的老母親更是驚嚇成疾,看著街上來個轎車就害怕,整夜不睡覺,擔心著所謂的政府工作人員不知什麼時候又會突然闖入院落,搞的雞犬不寧。
2000年黑雲壓頂,法輪功學員繼續遭受邪黨的殘酷鎮壓。李玉昆去北京向政府領導人反映法輪功教人道德昇華的好功法。誰知到達北京後,等待他們的是又是一場毒打迫害。李玉昆被帶到濰坊駐京辦事處,郭家屯鎮惡徒孫鈞武就把他叫到房間裡毒打了一頓,全是打頭部。回到當地,惡警秦潔等人便使用了各種刑罰,用電棍電擊李玉昆的頭部;然後逼他趴在地上用帶刺的橡膠皮棍從背部一直打到兩腳的踝子骨處,整個後背、臀部、兩大腿背面和兩個腿肚子全被打成了黑色,當時他就被打的滿地上滾爬,慘叫聲不斷。
當時打人打紅了眼的惡警秦潔又用穿著大頭皮鞋的腳,狠命的猛踢李玉昆的頭部、臉、胸膛、鎖子骨等處;還用穿著皮鞋的腳使勁碾他的桿腿子(小腿桿子)。當時正好是伏天,天氣非常熱,把李玉昆等法輪功學員弄到近40度的太陽地裡去曝曬,不給水喝,還逼著往嘴裡塞鹽,誰若不往自己嘴裡塞鹽就繼續遭毒打,用腳踢、拳打。到了下午,秦潔等人又把李玉昆弄到鎮委會議室繼續打,秦潔說「非打死你不可」。
2001年的春天,李玉昆出門辦事,回到家鄉剛下車,就被派出所抓去後毒打:惡警秦潔一腳就將他的兩顆門牙踢掉,當時也不知道是誰抓起一塊抹桌子的抹布給他擦嘴上直往外冒的鮮血,而秦潔似乎還沒打夠,然後又揚起小方凳子砸他的頭,方凳都砸碎了;再用穿皮鞋的腳跺他的頭,秦潔這幫惡黨打手輪番毒打折磨他一直到第二天傍晚,還威逼說:「你為什麼不自殺?你也快自殺吧!」惡警迫害的理由是到他家去沒找到他,不准他外出。
2007年11月9日上午9-10點,相州派出所所長帶著6個警察到李玉昆家洗劫; 11月12日,惡警又去李玉昆家行惡;13號峽山趙戈莊鎮派出所也去了李玉昆家進行搜查,還說:「等李玉昆回家後立即去鄭公派出所或者是相州派出所,去郭家屯派出所也行。」 12月4日相州派出所又去李玉昆家打劫,臨走時那個所長揚言道:「我就不信他不到家了,就是逢年過節我們也來找,跑不了他。」
2008年割小麥前,相州派出所兩次到李玉昆家打劫。在奧運召開的前幾天,8月3日,李玉昆接到其舅舅病危的消息,去青島看望舅舅,就在高密火車站買票驗身份證時,監測儀器中顯示他是法輪功學員,就這樣李玉昆被困在高密火車站,晚上被綁架到鄭公派出所,逼迫他的家人拿五千元錢去贖人。