这些秘密调查虽然并未发现一条法轮功的罪证，各地却发生了公安强行驱散炼功群众、非法抄家罚款等严重干扰法轮功学员正常修炼的事件。三年中打压不断升级。最后因为1999年4月发生了天津公安局无理逮捕、殴打十多位法轮功学员的“天津事件”，天津的警察告诉法轮功学员，你们有问题去找北京。这样引发了“4·25”法轮功学员万人和平上访。
1999 年4月25日法轮功学员集体到位于府右街的国家信访办上访，而信访办就在中南海附近。上访过程中，法轮功学员极其的平和安静，没有标语、口号，对当地的行人和交通没有造成任何影响。可后来中共为了给全面迫害大造舆论，却将法轮功学员的和平上访描述为所谓“围攻中南海”。事实上当时法轮功学员站在府右街和中南海围墙的街对面，从方位上讲“围攻”无法实现（见图），而且当天中共总理朱镕基还在中南海门口接见了法轮功学员代表，并使部分问题得以和平解决。真有围攻的话，总理不可能出来接见，而且中共军警也不可能无动于衷。
将和平上访污蔑为有政治目的的“围攻”，源自于当时中共党魁江泽民的妒忌和恐惧。江泽民妒忌总理朱镕基通过和平解决“四·二五”上访获得的国际赞誉、妒忌李洪志先生教导的“真善忍”在普通民众中巨大的感召力。而且踏着“六四”学生鲜血上台的江泽民，习惯了以中共阶级斗争的思维看问题，他看不到法轮功学员和平上访是对政府的信任，认为这是对党的示威。当晚，江泽民把和平上访污蔑为“围攻中南海”，并在同年7月发动了对法轮功的全面迫害。